HiFi pan-genome and pan-transcriptome for pistachio adaptation to climate change

OBJETIVOS

Se trata de un proyecto colaborativo de pangenómica y pantranscriptómica para identificar la diversidad funcional (genes e isoformas del ARN mensajero) que servirán como base para posteriores trabajos de selección y mejora de variedades de pistachero, en concreto para buscar variedades más productivas y con menores requerimientos de frío invernal, para adaptarse a las condiciones ambientales que se plantean con el cambio climático. Debido a su dioica, los cultivares de pistacho son altamente heterocigotos, lo que conduce a una gran diversidad de haplotipos que pueden explotarse para la reproducción. Sin embargo, tal diversidad junto con una naturaleza genómica altamente repetitiva (> 70% de elementos transponibles) también desafían el desarrollo de recursos genómicos adecuados. Hasta ahora, solo se ha producido un ensamblaje de genoma limitado (Contig N50: 76kb).

Afortunadamente, el enorme progreso de las tecnologías PacBio ahora permite un proyecto más ambicioso del genoma del pistacho. El alto rendimiento del secuenciador Sequel II vinculado a la precisión de PacBio HiFi en lecturas aún más largas proporciona una perspectiva ideal de éxito en este desafiante genoma. Iso-seq también permitirá una búsqueda precisa de alto rendimiento de variantes de transcripciones completas relacionadas con la adaptación climática.